請問kegg中的信號(hào)通路是怎么得來的?高通量?文獻(xiàn)?實(shí)驗(yàn)?
1、KEGG 是了解高級(jí)功能和生物系統(tǒng)（如細(xì)胞、 生物和生態(tài)系統(tǒng)），從分子水平信息，尤其是大型分子數(shù)據(jù)集生成的基因組測序和其他高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)的實(shí)用程序數(shù)據(jù)庫資源， 由日本京都大學(xué)生物信息學(xué)中心的Kanehisa實(shí)驗(yàn)室于1995年建立。
2、我們可以利用KEGG數(shù)據(jù)庫中的KEGGMapper工具查詢多個(gè)基因信號(hào)通路。根據(jù)基因表達(dá)差異列表，利用KEGGMapper進(jìn)行轉(zhuǎn)換。
3、在KEGG或BioCarta這些pathway數(shù)據(jù)庫里找到你感興趣的通路，在pathway圖上找到你感興趣的蛋白后就能確認(rèn)它的下游。
4、信號(hào)通路分析需要完備的注釋信息支持，通過整合KEGG、Biocarta、Reactome等多個(gè)數(shù)據(jù)庫的信息可以精確檢驗(yàn)來進(jìn)行Pathway的顯著性分析。
5、分子結(jié)構(gòu)特征描述采用漢語，同時(shí)提供英文原文以供考證。對于善于使用英文的讀者，我們提倡直接訪問RCSB PDB，一來可以減少網(wǎng)絡(luò)擁擠，二來可以減少由于HPDB的翻譯不妥帶來的不便。
快捷查找KEGG里的通路和基因
1、首先打開KEGG數(shù)據(jù)庫，你會(huì)進(jìn)入下面這個(gè)界面，點(diǎn)擊KEGGPATHWAY。紅框標(biāo)識(shí)的是PATHWAY的一級(jí)分類，藍(lán)框框住的是二級(jí)分類。比如第一個(gè)metabolismpathway的二級(jí)pathway已經(jīng)列出來了。
2、代謝通路：目前在通路數(shù)據(jù)庫(PATHWAY database) 中代謝通路是建立得最好的，有大約90個(gè)參考代謝途徑的圖形。每個(gè)參考代謝途徑是一個(gè)由酶或EC號(hào)組成的網(wǎng)絡(luò)。
3、可以。我們可以利用KEGG數(shù)據(jù)庫中的KEGGMapper工具查詢多個(gè)基因信號(hào)通路。根據(jù)基因表達(dá)差異列表，利用KEGGMapper進(jìn)行轉(zhuǎn)換。
4、首先打開KEGG搜索界面，如下圖。Search against輸入hsa，PrimaryID 類型選擇“NCBI-GeneID”，在“Enter objects one per line followed by bgcolor， fgcolor”下方文本框中輸入要查詢的基因名“GPX1”。
kegg如何查找乳酸菌通路
想看kegg通路圖的話，用R包pathview來看，看函數(shù)的幫助文檔就行。
如何利用KEGG定位基因?qū)儆谀膫€(gè)代謝通路代謝通路：目前在通路數(shù)據(jù)庫(PATHWAYdatabase)中代謝通路是建立得最好的，有大約90個(gè)參考代謝途徑的圖形。每個(gè)參考代謝途徑是一個(gè)由酶或EC號(hào)組成的網(wǎng)絡(luò)。
在出現(xiàn)的頁面中，點(diǎn)擊hsa00030這個(gè)通路即可。
其實(shí)通路數(shù)據(jù)庫有很多，類似于wikipathway，reactome都是相關(guān)的通路數(shù)據(jù)庫。只是因?yàn)镵EGG比較被人熟知，所以基本上都做這個(gè)分析的。KEGG是一個(gè)整合了基因組、化學(xué)和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫。
可以。我們可以利用KEGG數(shù)據(jù)庫中的KEGGMapper工具查詢多個(gè)基因信號(hào)通路。根據(jù)基因表達(dá)差異列表，利用KEGGMapper進(jìn)行轉(zhuǎn)換。
